Арени — одно из древних сёл исторического Сюника (гавар Вайоц Дзор). Значимость села объяснялась, прежде всего, его географическим положением — на выходе из ущелья, соединяющего Вайоц-Дзор с долиной Шарур. Благодаря этому, село являлось как местом отдыха путешественников, так и важной военной точкой. На окрестных возвышенностях были построены военные укрепления.
.
В старину называлось Арпа. Егише упоминал как Арпанял (арм. Արփանյալ). 10 октября 1946 село было переименовано в Арени.
В XIII веке ишхан (князь) Орбелян Тарсаич построил здесь дворец. Тогда же в Арени из Егегиса был перенесён княжеский престол Сюника. По его приказу глава нораванкский епископ Саркис (1265—1287) близ Арени на реке построил трёхарочный мост, основание которого сохранились до наших дней. В 1321 году по приказу сюнийского епископа Ованеса архитектором Момик строит в Арени церковь святой Богородицы.
Начиная с 2009 года в селе проводится ставший традиционным, ежегодный всеармянский «Винный фестиваль».